TIM 2006 : Traitement des Images Médicales

Module M2 semestre 4 de la spécialité STL du Master Informatique de l'UPMC !

Équipe pédagogique

Dominique Béréziat (LIP6/UPMC)
Jean-Marie Rochisani (Université P13/Hôpital Avicenne)

Horaires

Durant 8 semaines à partir de la semaine du 6/02/06 :

le jeudi de 14h à 18h, salle 316 bât 41

Nouvelles fraîches

[24 mars] Correction du TME Markov dispo (voir plus bas)
[10 mars] Le cours du jeudi 9 mars a été annulé. Veuillez consulter le nouveau planning. En cas de bloquage du campus, la séance se déroulera sur le site de Scott.
[6 mars] Support de cours de J.-M. Rochisani dispo.
Début des cours le jeudi 9 février.

Planning prévisionnel et support de cours

9 février: Imagerie par rayons X et Rappels de probabilité.
16 février : Introduction aux champs de Markov.
23 février : Segmentation des images médicales, Application en échocardiographie.
2 mars : Tomographie, échographie (J.-M. Rocchisani).
9 mars : séance annulée.
16 mars : Recalage des images et Estimation du mouvement.
23 mars : TME (Simulation de champs et restauration)
30 mars : Examen.

TME Champs de Markov : correction

J'ai placé sur mon compte de l'ari, une correction du TME (uniquement la restoration) ainsi qu'un script d'utilisation. Connectez-vous à l'ari et installez le matériel pour faire le TME :

% ssh -X votre_login_ari@ssh.ufr-info-p6.jussieu.fr
% sh /users/Enseignants/bereziat/tim/install-tim

Récupérez la correction du TME :

% cp -r /users/Enseignants/bereziat/tim-corr ~

Pour exécuter le démonstrateur, loguez-vous sur une autre machine de l'ARI, car la passerelle est généralement chargée, par exemple :

% ssh -X ari-31-313-14

L'option -X est obligatoire pour la démo : il permet d'avoir un display X et donc de lancer le programme de visualisation. Au pire, on peut rester sur la passerelle (mais relancer un shell de façon à ce que l'environnement INRIMAGE soit pris en compte).

Exécution du démonstrateur :

% cd && cd tim-corr % ./demo
La démo lance la commande yvis qui est sur mon compte et affiche le résultat au fur et à mesure des itérations : soyez patients si la machine est lente. La commande izoom utilisée dans la démo permet de modifier l'échelle d'une image : je m'en suis servi pour réduire la taille de l'image et donc le temps de calcul.

Si vous avez des questions, des commentaires, si vous souhaitez utiliser cela sur votre machine : me contacter.

Documents annexes

Le cours sur la détection de contours de TIF (Séverine Dubuisson).
Le cours sur les modèles déformables et contours actifs de TIF (Séverine Dubuisson).
Examen de l'an dernier.

Bibliographie (en cours)

Sur l'imagerie médicale

[1]	Jacob Beutel, Harold L. Kundel, and Richard L. Van Metter. Handbook of medical imaging. Physics and psychophysics, volume 1. SPIE Press, Washington, USA, 2000. [ bib ]
[2]	Milan Sonka and Michael Fitzpatrick. Handbook of medical imaging. Medical image processing and analysis, volume 2. SPIE Press, Washington, USA, 2000. [ bib ]
[3]	Yongmin Kim and Steven C. Horii. Handbook of medical imaging. Display and PACS, volume 3. SPIE Press, Washington, USA, 2000. [ bib ]

Sur le traitement des images en général

[4]	Henri Maître. Le traitement des images. Number ISBN 2-7462-0584-X. Hermès Science publique, 2002. [ bib ]
[5]	Jean-Pierre Cocquerez and Sylvie Philipp-Foliguet. Analyse d'images : filtrage et segmentation. Number ISBN 2-225-84923-4. Masson, 1995. [ bib ]

Fondements sur les probabilités et les statistiques

[6]	Christophe Gonzales Introduction à la statistique et aux probabilités. Polycopié UPMC (DEUST Informatique 2003) [ ps ]

Ce polycopié est très basique mais complète bien une partie des notions fondamentales vues dans le cours d'introduction aux probabilités. Pour approfondir vraiment vos connaissances, il vous faudra lire un manuel de probabilité en second cycle de mathématique.

Sur les champs de Markov

[7]	Gerhard Winkler. Image Analysis, Randow Fields and Dynamic Monte Carlo Methods. Applications of Mathematics. Springer, 1995. [ bib ]
[8]	Xavier Guyon. Champs aléatoires sur un réseau. Modélisation, statistique et applications. Number ISBN 2-225-83993-X. Masson, 1993. [ bib ]

Ces deux références sont très techniques et mathématiques. Elles vous permettent d'approndir vos connaissances sur les champs de Markov. Notez que le livre de H. Maître [4] contient un chapitre très accessible sur les champs de Markov. Je vous le recommande.

Divers

[9]	William H. Press. Numerical Recipes in C : the art of programming. Number 0-521-43108-5. Cambridge University Press, 1995. [ bib \| www ]

Livre de recette d'algorithme numérique. Indispensable. Le livre et les sources sont consultables sur Internet. Les routines existent en C, C++, Fortran 77 et Fortran 90.

Dominique Bereziat